主要原因還是因為長尾能景、長尾為景父子二人執政時期，曾以越后上杉家的名義，在越后七郡對一向宗一律進行取締以及驅逐，甚至還沒收一向宗寺院的寺領。使得原先越后七郡的一向宗僧眾、信徒大都逃亡至越中、能登、加賀等國，并融入當地的一向宗勢力范圍之中。

    正所謂舊仇猶未洗刷，原越后的一向宗僧眾、信徒自然是不會對上條家抱有任何的好意。再加上長尾為景還多次以越后上杉家的名義出陣越中，討取了不少一向宗的僧眾、信徒，以及對沿途的一向宗寺院進行破卻。

    如此種種，導致越中一向一揆眾首要人物的瑞泉寺證心（瑞泉寺住持，井波城城主，割據礪波郡南部，擁有三百七十座寺院）、勝興寺顯榮（勝興寺住持，安養寺城城主，割據礪波郡西部）等人并不接受本誓寺超賢的勸說和調停，執意要大力支援神保長職，意圖在攻滅椎名家后，一舉攻入越后，將越后也變成加賀一樣的‘佛國’。

    天文八年，十月三十日。

    長尾晴景見上條清定仍未有出兵越中的跡象，在萬般無奈之下，就只能派遣重臣村山直義為總大將，率軍攻打倒向神保·一向一揆一方的魚津城。

    然而，魚津城城主板屋政廣卻聯合了瀧三郎左衛門、寺崎民部左衛門、齋藤帶刀、土屋平次左衛門、游佐信濃守等鄰近周邊的越中國人領主，以及越中、加賀兩國一向一揆眾派遣過來五千余眾，最后以八千余眾固守在魚津城之中，使得府中長尾軍并不能順利突破魚津城。

    村山直義因兵力寡少，不敢孤軍深入，只好在山本寺定長的接應之下率軍撤回了越后。