隨著三好長慶、六角義賢的主動退讓，使得后奈良天皇更加有底氣了。

    隨后，后奈良天皇就直接選擇無視足利義輝，讓權大納言久我晴通再度擔任使者下向越后，將授予上杉家眾人官職、位階的詔書口宣案（詔書中向當事人宣讀的部分，發給當事人作為任職的憑證，相當于天朝古代的“告身”，即委任狀）頒給上杉清定。

    畢竟，近衛晴嗣、久我晴通二人可是在返回禁里御所復命之時，將上杉家獲得了來自南蠻佛郎機國的新式火器告知了后奈良天皇，他們堅信上杉家有此等利器，必然在數年之內將不破關以東之地完全靜謐，進而揮師上洛，讓兵燹連年的近畿諸國也恢復靜謐。

    而足利義輝這邊也只能愈發怨恨上杉家，但并沒有實際的反制措施。

    如今的足利將軍家并無鐮倉幕府那般實力，并不能效仿鐮倉幕府于承久之亂、元弘之亂那樣直接向皇室、朝廷刀兵相向。

    此時京都的防衛還是由三好家重臣松永久秀來負責的，就算足利義輝率僅剩下的奉公眾前去禁里御所示威，首先要過的就是松永久秀這一關。

    足利將軍家與上杉家命運最大的區別就在于，上杉家如今有一個穩定而持續的元從派家臣，且隨著時間線的拉長不斷成長、倍數級壯大，成為保衛上杉家，以及對外擴張的主力。

    而且，古今中外，決定一個王朝軍隊戰斗力和國運的主要“參數”并不是地理，而是其集權程度，一個王朝集權程度越高，則其征召軍勢能力也就越強，戰斗力也就越強，國運也就呈上揚狀態。

    現如今的足利將軍家可以說既不占地理優勢，麾下奉公眾又不堪大用，奉行眾也無法為足利將軍家征收穩定的年貢和賦稅，以伊勢貞孝等人為首的幕臣還在為三好家效命。

    可以說，此時的足利將軍家已然是名存實亡。

    結果，還沒等足利義輝親自帶人前往禁里御所示威，三好長慶、三好義興、細川氏綱、松永久秀等人就一同前來覲見了。

    當然，三好長慶、三好義興、細川氏綱、松永久秀等人一齊前來覲見足利義輝，自然是為了朝廷授予上杉家眾人官位之事。

    三好長慶其實是不希望足利義輝在眼下繼續阻撓朝廷授予上杉家眾人官位之事的，因為他最擔心的是上杉家因此事與足利將軍家徹底撕破臉。

    要知道，南北朝在名義上結束后，南朝的痕跡也并未完全消失。“南方末裔”仍然不時被人提起，作為旗幟對抗以京都為中心的政治秩序。

    曾經，在足利義滿死后不久，后龜山法皇就出走吉野。其間，后小松天皇在應永十九年（1412年）讓位于躬仁親王（稱光天皇），之后，南朝開始采取明顯的行動。

    新皇趁大覺寺統上皇不在的時候踐祚，南北統一的條件被公然廢除，對此，舊南朝方的伊勢國司北畠滿雅在應永二十一年起兵反抗，這是后南朝早期的活動之一。同時，楠木一族之人也在大和、河內等地向足利將軍家舉起反旗，各地都出現了不穩定的形勢，且有擴大的跡象。警覺的足利將軍家一方面與北畠滿雅進行和解，另一方面又與后龜山法皇約定歸還其御料所，并請求他回朝，試圖將叛亂扼殺在萌芽狀態中。

    應永二十三年（1416年）九月，后龜山法皇返回京都，事態暫時才平靜下來，但是，此后也不時出現反足利將軍家的勢力，且背后總有后南朝方的影子在，這讓足利將軍家仍頭痛不已。

    后龜山法皇返回后不久，應永二十三年（1416年）十月，在關東，前關東管領上杉氏憲（上杉禪秀）公然反叛鐮倉公方足利持氏（上杉禪秀之亂）。據說此事還與南朝方的勢力有關，足利義嗣也參與其中。他曾經備受足利義滿寵愛，但在足利義滿突然去世后卻遭到排擠。不久，足利義嗣被捕，隨后出家且遭到幽禁，最終被殺害。于是關東之亂得以平定，但在如何處置支持上杉禪秀的武士的問題上，鐮倉公方持氏又和幕府產生了嫌隙。應永三十年左右，甚至還傳來足利持氏與北畠滿雅聯手擁戴“南方宮”起兵的消息。