“臣遵命！”八條定繁、穴澤氏清也不再提出異議。

    由于京都在遭到多次兵燹，幾乎成為一片焦土，就連禁里御所也只剩下清涼殿、仁壽殿、宜陽殿、常寧殿、貞觀殿等寥寥數座宮殿幸免于難。至于禁里御所外圍的宮門、花舍、馬廄等更是盡數被毀。

    就算官軍壓制了丹波、山城兩國全境后，曾對禁里御所南面的建禮門、承明門、永安門、長樂門進行修繕，也只是勉強讓這些宮門恢復了防盜功能罷了，根本不能承受攻城器械的攻擊。

    為此，清定在上奏正親町天皇遷都之前，就命留守在小田原城的上杉定虎、新發田綱貞、倉賀野尚行、新津勝邦、栗林賴忠等人負責對江戶城進行大規模的普請，意圖將江戶城營建成一座新的都城。

    為了能留給世人一種大氣、熱鬧、豪華、規模巨大的印象，清定更是許可上杉定虎、新發田綱貞、倉賀野尚行、新津勝邦、栗林賴忠等人召集武藏、相模、伊豆、下總、下野、上野、越后、巖代、磐城、羽前、陸前、信濃、甲斐、駿河等國大量的鋸木匠、屋頂匠、鐵匠、榻榻米匠等，為他們簽發朱印狀，免除了他們所在領國的棟別錢、段錢、夫錢（代替夫役所繳納的銅錢或大米）等各種雜稅，讓他們來承擔江戶城的擴建和改修。

    本丸的天守閣建七層——第一層為石墻，作為倉庫放置糧草；石墻之上建第二層，墻壁貼金，柱數二百零四根，繪百鳥及儒者；第三層，柱數一百四十六根，繪花鳥及賢人像；第四層，柱數九十三根，繪松、竹等；第五層，無繪，為三角形；第六層，八角形，經清定親自設計，外面的柱漆紅，里面的柱則包金箔，周圍有雕欄，刻龜和飛龍，外壁繪畫惡鬼，內畫釋迦牟尼與十大弟子說法圖；第七層，室內外皆涂金箔，四柱雕龍。